Mikhail Vladimirovich Mishustin sinh ngày 3 tháng 3 năm 1966 tại Lobnya, tỉnh Moskva trong một gia đình hoàn toàn bình dân.[6] Cha ông là Vladimir Moiseyevich Mishustin làm việc ở Sân bay quốc tế Sheremetyevo, là Bí thư Đoàn Thanh niên Cộng sản Lenin,[7] trong ban an ninh[8] (sau này là Công ty Cổ phần An ninh Hàng không Aeromash,[9] nay là Công ty Cổ phần An ninh Sheremetyevo «Шереметьево Безопасность»), còn mẹ ông là Luiza Mikhailovna làm việc trong một cơ sở y tế.[6][10] Tại Lobnya, Mikhail đã tốt nghiệp trường Trung học số 7 với kết quả xuất sắc.[11] Năm 1983 ông đăng kí học lớp ban đêm tại Viện Công cụ Máy móc Moskva STANKIN (Московского станкоинструментального института), sau đó, nhờ thành tích học tập tốt ông được chuyển sang học lớp ban ngày.[6] Năm 1989, ông tốt nghiệp Đại học Công nghệ Quốc gia Moskva «STANKIN» chuyên ngành Hệ thống Thiết kế Tự động, nhận bằng Kĩ sư - Kĩ thuật viên hệ thống, sau đó vào năm 1992 cũng tại đại học này ông đã hoàn tất chương trình aspirant (phó tiến sĩ).[3]

Sau khi tốt nghiệp, ông đã khởi đầu làm việc với tư cách là Giám đốc của Phòng thí nghiệm kiểm tra. Trong năm 1992, Mishustin đã làm việc tại Câu lạc bộ máy tính quốc tế (International Computer Club -ICC), một tổ chức cộng đồng phi lợi nhuận thúc đẩy công nghệ thông tin và tạo điều kiện hội nhập cho Nga và phương Tây. Ông cuối cùng đã đứng đầu ủy ban của của ICC.

Năm 1998, ông đã gia nhập dịch vụ công với tư cách là một trợ lý về hệ thống thông tin cho kế toán và kiểm soát toàn bộ số thu tiền thuế tới người đứng đầu Cơ quan thuế vụ quốc gia. Từ 1998 tới 2004 ông đã làm việc như Thứ trưởng Cục Thuế, trở thành lãnh đạo số 2 tại Cục thuế liên bang. Ông đã làm việc với tư cách lãnh đạo của Cơ quan liên bang cho Địa chính Bất động sản thuộc Bộ kinh tế phát triển Nga, và lãnh đạo cơ quan liên bang-Quản lí những khu vực kinh tế đặc biệt.

Năm 2008, ông đã rời công sở và trở lại kinh doanh- thời gian này trong lĩnh vực đầu tư. Cùng năm, ông đã bắt đầu công việc mà có thể kết thúc với nhiệm kì 2 năm như là chủ tịch của UFG Asset Management, sau đó từ chức để phục vụ với tư cách là người đứng đầu của Cục thế liên bang.

Trong tháng 2 năm 2009, ông đã tham gia nhân sự dự bị của tổng thống Nga.